为了预防辣椒在栽培管理中的各种病虫害，在育苗前必须进种子消毒。种子消毒有两种方法，一是温汤浸种消毒，二是药液浸种消毒。具体操作技术如下：
一、温汤浸种消毒
这是一种简便易行的浸种消毒法。做法是：将种子装在纱袋中（只装半袋，以便搅动种子），首先将种子袋放有清水中浸20分钟，然后捞起来放在50℃-55℃的热水中，水量为种子的5-6倍，而且不断地搅动，以便使种子受热均匀，并及时补充热水，使水温保持15分钟之久，然后，让水温降到30℃时，继续浸泡5-6小时，再捞起来洗净种破上的粘质，才进行催芽播种。注意：在温汤浸种中，水温和时间必须严格掌握才能达到既杀死病菌，又不伤害种子。处理时温度表一定要一直插在热水中测定水温，以便要求调节。加热水时切记不要直接冲在种子上，以避免烫伤种子。
二、药液浸种消毒
这种方法应针对防治的主要病害而选择不同的药液。目前，生产上常用的药液有：40%福尔马林100倍溶液，2%氢氧化钠溶液，10%磷酸三钠溶液，1%高锰酸钾溶液和1%硫酸铜溶液。根据本地区的实际，种子消毒的主要是防治辣椒病毒病，目前防治辣椒病毒病的有效药液为磷酸三钠溶液。做法是：先将种子用清水浸泡6-8小时，然后捞起来放在10%磷酸三钠（即一市两磷酸三钠兑水1市斤）溶液中浸20分钟捞出，用清水洗，最少要洗3遍，然后进行催芽。注意：药液浸种的时间一定要掌握好，不准超时间。催芽目的是保证出苗快而且齐。催芽的种子**用纱布包好催芽。